En 1988 se inauguró el embalse de Endara o San Antón, con una capacidad 16 veces superior al único embalse que existía hasta entonces, el embalse de Domiko, quedando solucionados momentáneamente los problemas de abastecimiento de agua para Irun y Hondarribia; problemas que se manifestaron en restricciones de agua, y que los habitantes sufrían con cierta frecuencia.
Al objeto de gestionar el ciclo integral del agua (abastecimiento y saneamiento) de la parte gipuzkoana de la comarca, el 4 de diciembre de 1989 se constituyó, previo acuerdo de los plenos de los Ayuntamientos de Irun y Hondarribia, la Mancomunidad de Aguas de Txingudi-Txingudiko Uren Mankomunitatea.
Esta, de entre las distintas formas de gestión previstas en la legislación, optó por la constitución de una sociedad anónima municipal, íntegra y exclusivamente participada por la Mancomunidad, bajo la denominación social de Aguas de Txingudi-Txingudiko Urak, S.A. iniciando su actividad el 1 de enero de 1990.
En 1993 Aguas de Txingudi-Txingudiko Urak, S.A. presentó el Plan de Abastecimiento y Saneamiento del Bajo Bidasoa, tomando así la firme disposición de hacer frente a las carencias en abastecimiento y saneamiento del agua de la comarca. En este Plan se proyectaron importantísimas infraestructuras que a lo largo de los años se fueron haciendo realidad.
Así, en 1996 se inauguró la Estación de Tratamiento de Agua Potable (ETAP) de Elordi, de donde actualmente Irun y Hondarribia se abastecen de agua potable.
La Mancomunidad de Servicios de Txingudi-Txingudiko Zerbitzu Mankomunitatea, tal y como ahora la conocemos, no se formó hasta 1997, tras la decisión de los ayuntamientos mancomunados de ceder a la Mancomunidad las competencias municipales en materia de residuos y limpieza viaria.
En consecuencia, el órgano gestor, es decir, la sociedad anónima, pasó a denominarse Servicios de Txingudi-Txingudiko Zerbitzuak, S.A. ampliando en idéntica forma su objeto social a los servicios relativos a la gestión de residuos y limpieza viaria.
En 2003 se inauguró la Estación Depuradora de Aguas Residuales (EDAR) de Atalerreka, dándose por concluido el esqueleto principal del Plan de Saneamiento, constituyendo un antes y un después en la salubridad de los cauces fluviales que atraviesan los centros urbanos del Txingudi y en la desembocadura del Río Bidasoa. Estas infraestructuras han hecho de la comarca del Bajo Bidasoa un lugar, sin duda, más agradable para vivir, más saludable y medioambientalmente mejor.
En 2011 se finalizaron las obras de Abastecimiento de Jaizkibel-Elordi cumpliéndose así otro de los objetivos prioritarios para a la comarca: aumentar los niveles de garantía en el suministro de agua.
De cara al futuro se aproximan retos muy interesantes para la comarca del Bajo Bidasoa. Amén de proteger los estándares de calidad del agua de abastecimiento, el objetivo prioritario es la gestión avanzada de las redes urbanas de distribución basada en el control exhaustivo y en tiempo real de las mismas con el fin de optimizar su rendimiento, mantenimiento y renovación y avanzar hacia una gestión eficiente de la demanda. Por otro lado, serán también desafíos muy significativos la correcta gestión y evacuación de las aguas pluviales, así como continuar con la renovación de las redes urbanas de abastecimiento y saneamiento mejorando sus rendimientos y separando las aguas pluviales de las fecales.
En cuanto a residuos, una vez asumidas las competencias por la Mancomunidad, en 1999 se sustituyeron los viejos contenedores para depositar la bolsa de basura, el vidrio y el papel, por los nuevos contenedores de colores para la recogida selectiva de los residuos domiciliarios, incorporando el contenedor amarillo para la recogida de residuos de envases, y un año más tarde el contenedor blanco para la recogida de textiles.
En el año 2013 se implantó la recogida selectiva de materia orgánica mediante contenedores de carga lateral. El material que proviene de esta recogida se destina al compostaje.
La evolución de la tasa de reciclaje, que comenzó en un 17,96% en el año 2000, ha ido subiendo hasta superar la barrera del 40 % en el año 2014 por primera vez.
El reto para los próximos años, se centra en la consecución de los objetivos de reciclaje marcados por la Ley 22-2011, de 28 de Julio, de Residuos que marcan un 50% de tasa de reciclaje para el año 2020.
En cuanto a los servicios de limpieza viaria de Irun y Hondarribia se clasifican en barrido y baldeo, tanto manual como mecánico, así como distintos servicios adicionales: limpieza de parques infantiles, pintadas y pancartas, brigadas de zonas singulares, etc.